A dzsungáriai törpehörcsögök bundája dús és selymes, színe barnásszürkés okkerssárga. Ez a szín három kiöblösödéssel nyúlik bele az oldal fehér részébe. A dzsungáriai törpehörcsögöknek is jellegzetessége a háton, a fejtöl induló fekete vagy feketésbarna hosszanti csík,amely a lapocka magasságában kiszélesedik. Fekete füleinek csúcsa világos. A dzsungáriai hörcsögök érdekes sajátossága, hogy a téli hónapokban teljesen vagy részlegesen fehér bundát viselnek. A meleg szobákban ez a tulajdonság azonban nem igazán jelentkezik rajtuk. Az állat az orrától a farka végéig mindössze 6-10 cm hosszú. Kis farkacskája kb 8 mm hosszú